为科学有效地对实验室进行管理，实验室制定了一系列的管理制度和规定，包括：《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室管理办法》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室学术委员会章程》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室固定人员管理办法》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室流动人员管理办法》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室科研创新团队建设与管理办法》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室开放课题管理办法》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室大型仪器设备管理办法》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室成果管理与转化应用管理办法》、《水利部水文气象灾害机理与预警重点实验室安全与保密管理制度》、《高性能计算机用户规章制度》、《高性能计算机房安全管理制度》等。

实验室运行管理机制如下：

（1）实验室实行实验室建设领导小组领导下、学术委员会指导下的主任负责制。实验室管理层由建设领导小组、学术委员会、主任工作委员会组成。实验室设立常务副主任和副主任若干名，主任全面负责实验室的工作，业务上接受实验室学术委员会指导。

（2）实验室设独立的学术委员会，学术委员会是实验室的学术领导机构，其主要职能是审议实验室学术方向、研究内容以及战略发展计划；审议实验室年度研究工作计划、审定实验室开放和合作交流课题，评估和考核开放课题完成情况。学术委员会由国内外气象相关学科领域的知名学者组成，任期四年，学术委员会每年至少召开一次会议。

（3）实验室实行科学化、规范化、制度化管理，建立分级管理责任制和实验室主任工作例会制度，各研究室围绕实验室年度工作总体目标，制定年度工作计划，主任工作委员会根据年度工作计划对研究室进行全面的目标考核，考核内容包括研究内容、项目成果、队伍建设、对外开放及学术交流等；实验室开放课题全部围绕预期目标，实行公开招标和合同管理。

（4）实验室以研究室的组织形式，联合优势学科，集中优秀人才。实验室设固定、流动及客座三种研究成员，依托研究室（中心）建设创新团队，固定人员实行考核和滚动制。根据绩效考核的结果，实验室发放一定数量的奖励。鼓励其他研究人员自带经费，以流动人员进入实验室从事研究工作，特别是从事交叉性、探索性研究工作，实验室将给予一定数量的经费支持；海外签约人员主要以客座研究为主。

（5）实验室实行激励机制，对所获得课题、发表论文、获得科技进步奖、获得专利以及科技成果转化等均按不同类别和档次给予奖励。

（6）实验室实行相对经济独立核算（如单独设立财务明细帐、专款专用等）。实验室的建设经费和设备费由江苏省财政厅、水利部和学校共同提供。实验室统一管理专项科研经费，具体由实验室主任工作委员会进行财务预算与决算。实验室建设领导小组进行建设经费的统一管理，运行费和自筹经费由实验室主任工作委员会管理。